Au niveau du tronc cérébral, la substance grise de la corne postérieure possède son équivalent dans le noyau spinal du trijumeau Ce noyau reçoit les afférences nociceptives des différentes structures crâniennes. Après avoir fait leur entrée dans le tronc cérébral par le nerf V au niveau de la protubérance, les fibres nociceptives périphériques forment un long faisceau descendant dans le tronc cérébral, c'est le faisceau spinal du trijumeau. Immédiatement accolé à ce faisceau descendant, se trouve, un peu plus en médial, le noyau spinal du trijumeau où les afférences nociceptives du V se termineront.
Les afférences autres que nociceptives en provenance des structures crâniennes arrivent au niveau du noyau sensoriel principal du trijumeau. Les événements relativement complexes survenant au niveau de la corne postérieure s'appliquent tout autant au noyau spinal du trijumeau.